12 მაისის მთავრობის სხდომაზე ეკონომიკის განვითარების მინისტრმა საპატრიარქოსთვის გადასაცემი ქონების 22-პუნქტიანი სია წარადგინა. მთავრობამ ამ ნუსხის 7 პუნქტი დაამტკიცა და პრეზიდენტის კანცელარიას ქონების პირდაპირი მიყიდვის წესით (სიმბოლურ ფასად) გადაცემის გასაფორმებლად გაუგზავნა. დარჩენილი 15 საკითხი განსახილველად ეკონომიკის სამინისტროში დაბრუნდა. სამინისტროში განმარტავენ, რომ მუშაობა გრძელდება და საპატრიარქოს ამ ქონებასაც გადასცემენ. 
ეკონომიკის მინისტრის ლაშა ჟვანიას გადაწყვეტილებით, რამდენიმე დღის წინ მცხეთის დედათა მონასტერს უზუფრუქტით გადაეცა გარშემო მდებარე ყოფილი სასაფლაოს მიწები. "ეს იყო უშუალოდ პატრიარქის ინიციატივა. მონასტერს სურს, ეს ტერიტორია მათ გადაეცეთ, იმიტომ, რომ საფლავებზე მანქანები დადის და მართლმადიდებლურად ულამაზო გამოდის", ამბობენ ეკონომიკის სამინისტროში. უზუფრუქტის წესით გაცემული ქონება სახელმწიფოს საკუთრებაში რჩება, თუმცა მიმღები მხარე განკარგავს. ასეთი ფორმით ქონების გადაცემის უფლება ეკონომიკის სამინისტროს სხვა უწყებებთან შეუთანხმებლად აქვს. 
ეკონომიკის განვითარების მინისტრი, შეთავსებით იმ კომისიასაც ხელმძღვანელობს, რომელიც საპატრიარქოსთვის ქონების დაბრუნებას განაგებს. ლაშა ჟვანია ამბობს, რომ "საპატრიარქოს კურთხევით", სამინისტროში ახალი თანამდებობაც შექმნა - მინისტრის სპეციალური მრჩეველი საპატრიარქოს საკითხებში.  
კონსტანტინე როგავა ხსნის, თუ რატომ არ დაამტკიცეს საპატრიარქოსა და მთავრობის ერთობლივი კომისიის ინიციატივები. მისი აზრით, "საუბარია არა პრინციპულ წინააღმდეგობაზე, არამედ იმ ტექნიკურ პრობლემებზე, რომლებიც ქონების გადაცემას ახლავს". სახელმწიფო ქონების მართვის პოლიტიკის დეპარტამენტის ხელმძღვანელის, ვახტანგ ბოცვაძის განცხადებით, ეკლესიის მოთხოვნების შესრულება არა პიროვნული, არამედ სახელმწიფო პრიორიტეტია: "ყველა საკითხი, რომელიც საპატრიარქოდან შემოდის და რომელსაც მეუფე თეოდორე ან მამა მიქაელ ბოტკოველი უწმინდესის ლოცვა-კურთხევით აწერენ ხელს, ჩვენთვის განსაკუთრებულად ფასეულია მთელი სამინისტროსა და მთავრობის დონეზეც". 
საპატრიარქოსთვის ქონების გადაცემის პროცესი სახელმწიფოსა და ეკლესიას შორის კონსტიტუციური შეთანხმების გაფორმებით 2002 წელს დაიწყო. ამ შეთანხმებით სახელმწიფო აღიარებს XIX-XX საუკუნეებში ეკლესიისათვის მიყენებულ მატერიალურ და მორალურ ზიანს და, როგორც ჩამორთმეული ქონების ნაწილის ფაქტობრივი მფლობელი, ამ ზიანის ნაწილობრივ კომპენსაციაზე იღებს ვალდებულებას. ეს დოკუმენტი 2005 წელს პარლამენტის განხილვის საგანი კიდევ ერთხელ გახდა, როცა ადამიანის უფლებათა დამცველმა, სოზარ სუბარმა განაცხადა, რომ ეს შეთანხმება საქართველოში მცხოვრებ სხვა რელიგიურ ჯგუფებს არათანაბარ მდგომარეობაში აყენებს. პარლამენტარების მხრიდან სუბარის გამოსვლას მწვავე კრიტიკა და სხდომის ბოიკოტი მოჰყვა. ომბუდსმენის დაცვა მაშინ მხოლოდ უმრავლესობის ერთმა წევრმა, გიგა ბოკერიამ სცადა და თანაგუნდელების განცხადებებს "ფუნდამენტალისტური" უწოდა. ამის მიუხედავად, 2006 წელს პარლამენტმა კონსტიტუციურ შეთანხმებას ხელშეუხებლობის სტატუსი მიანიჭა. 
ეკლესიისთვის ისტორიული ქონების დაბრუნების პროცესი ოფიციალურად მაშინ დაიწყო, როცა 2003 წელს კომპენსაციის რაოდენობის, ვადების და ქონების გადაცემის ტექნიკური დეტალების შესასწავლად, საპატრიარქოსა და მთავრობის ერთობლივი ჯგუფი შეიქმნა. თუმცა, ბოლო ორი წელია, კომისიის მუშაობა განსაკუთრებით გააქტიურდა.
2008 წლის მარტში, სახელმწიფომ საპატრიარქოს 50 მილიონი ლარის ღირებულების უძრავი ქონება გადასცა, მათ შორის - მე-9 საავადმყოფოს ტერიტორია და ჭავჭავაძის გამზირზე ყოფილი "დოსააფის" შენობა. სულ საპატრიარქოს თბილისის ცენტრში 4000 კვ.მ მიწის ნაკვეთი და 4600 კვ.მ ფართობის შენობები გადაეცა. 
2008 წლის ნოემბერში, საპატრიარქოს ახალი ეკლესიების ასაშენებლად 25 მიწის ნაკვეთი რეგიონებშიც გადაეცა. საპატრიარქოსთვის გადაცემული ქონების ნუსხაში მოხვდა სასოფლო-სამეურნეო დანიშნულების მიწები და კულტურული ძეგლები, ასევე - გარემოს დაცვის სამინისტროს განკარგულებაში არსებული ტყეები და ტყე-პარკები. ამ ნუსხაში ეკლესიის ისტორიულ ქონებასთან ერთად ისეთი ობიექტებიც შევიდა, რომელიც საპატრიარქოს კუთვნილება არასდროს ყოფილა, მაგალითად - "დოსააფის" შენობა. 
ავტომატურად საპატრიარქოს განკარგულებაში აღმოჩნდა ყველა იმ საჯარო სკოლისა და უმაღლესი სასწავლებლის ტერიტორია, სადაც ეკლესია აშენდა. ხშირ შემთხვევაში, ამ გადაწყვეტილებებს ადგილობრივი გამგეობები იღებდნენ. 
"ჩვენ აქტიურად ვმუშაობთ საპატრიარქოსთან, რომ გადავცეთ ის ქონება, რომელიც შეთანხმებით არის დადგენილი. ასევე, ამ ქონების გადაცემით, გვინდა ხელი შევუწყოთ საქართველოში ეკლესიის მნიშვნელობის გაძლიერებას", - განაცხადა მთავრობის სხდომაზე ეკონომიკური განვითარების მაშინდელმა მინისტრმა ეკა შარაშიძემ 2008 წლის ნოემბერში. 
ეკონომიკის სამინისტროში ამბობენ, რომ ეკლესიის გაძლიერება ხელს უწყობს ქართული სოფლის პროდუქტის განვითარებას. "ისტორიულად, საპატრიარქო ქმნიდა ეროვნული პროდუქტის ძალიან დიდ ნაწილს და ამიტომ ჩვენმა ხელმძღვანელობამ უნდა გააძლიეროს ეს მიმართულება. საჭიროა, რომ საპატრიარქოს წვლილი ეკონომიკაში მეტი იყოს, რომ უფრო სწრაფად გამოცოცხლდეს შიდა პროდუქტიც", - ამბობს სახელმწიფო ქონების მართვის დეპარტამენტის მთავარი სპეციალისტი რევაზ ლორთქიფანიძე.
თუმცა, სახელმწიფოს კუთვნილ კრწანისის ტყე-პარკში, რომელსაც, უკვე 15 წელია, უზუფრუქტის ხელშეკრულებით ეკლესია განკარგავს, ახლა მხოლოდ ერთი მონასტერი დგას, საეკლესიო პირები კი რეინჯერების ფუნქციას ასრულებენ. მიუხედავად იმისა, რომ 2005 წელს ბაზალეთისა და კრწანისის ერთიანი საკურორტო კომპლექსის განვითარების გეგმა გაჩნდა და რამდენიმე მილიონიანი კერძო ინვესტიციაც მოიძებნა, კრწანისის ტყე-პარკი ეკონომიკის სამინისტროს სატენდერო სიაში ვერ მოხვდა. 
2002 წლის შეთანხმების მიხედვით, ეკლესია გათავისუფლებულია გადასახადებისგან. ეკლესიის მიერ წარმოებული საღვთისმსახურო პროდუქციის დამზადება და რეალიზაცია, შემოწირულობები, ასევე არაკომერციული დანიშნულების ქონება და მიწა, არ იბეგრება. 
გადასაცემი მიწის ფართობის გაზომვას საპატრიარქო ახდენს, ეკონომიკური განვითარების სამინისტრო კი საპატრიარქოს იმ ტექნიკური საკითხების სწრაფად გადაწყვეტაში ეხმარება, რომელიც ამ მიწების გადაცემას ახლავს თან. ვახტანგ ბოცვაძე თვლის, რომ ქონების ეკლესიისთვის დაბრუნების პროცესი, რომელიც, წესით, უამრავ ბიუროკრატიულ ფორმალობასთანაა დაკავშირებული, ძალიან სწრაფად და ნაყოფიერად მიმდინარეობს. ამ პროცესის შეუფერხებლად განვითარებაზე სამინისტროს მთელი გუნდი ზრუნავს.