მთელი საბჭოთა პერიოდის მანძილზე ქართული ბაპტისტური ეკლესია, სასტიკი დევნის და განუწყვეტელი კონტროლის ქვეშ იმყოფებოდა. 1990 წელს მსოფლიო ბაპტისტური ეკლესიის მხარდაჭერის მიღების შემდეგ იქმნება საქართველოს ევანგელურ-ბაპტისტური ეკლესია (სებე), რომელიც გამოეყო როგორც მოსკოვს, ისე კავკსიის საუფროსხუცესოს. ამ ეკლესიის პირველი ხელმძღვანელი იყო გურამ ქუმელაშვილი, ოთხი წლის შემდეგ კი ეპისკოპოსად მალხაზ სონღულაშვილი აირჩიეს. ეკლესიას ოთხი ეპისკოპოსი და სამოცი ხელდასხმული ღვთისმსახური ჰყავს (ეპისკოპოსების, ხუცესებისა და დიაკვნების ჩათვლით) ხუთი ათას მონათლული წევრს აერთიანებს.
2003 წელს სებემ "ვარდების რევოლუციას" ღიად დაუჭირა მხარი, ამ აქტს მალხაზ სონღულაშვილი ასე აფასებდა: „თუ ყველა თვალს ხუჭავს სოციალურ უსამართლობაზე, ადამიანის ღირსების ხელყოფაზე, ეკლესიამ მაინც უნდა აღიმაღლოს ხმა. ეს არის ჩვენი რწმენა..." მართლაც, თუ სებე-ს სოციალურ მოძღვრებაში ჩავიხედავთ, აღმოვაჩენთ ზემოთხსენებული ქმედების თეორიულ ბაზისს: „...სადაც კი წააწყდებიან სოციალურ უსამართლობას და ადამიანის ჩაგვრას, მათ [ქრისტიანებმა, დ.თ.] ხმა უნდა აღიმაღლონ მის დასაცავად. საამისოდ მათ უნდა მიმართონ პროტესტის მშვიდობიან, არაძალადობრივ ფორმებს".
სებე ერთადერთი ქრისტიანული ეკლესიაა საქართველოში, რომელიც ეკუმენური მოძრაობის აქტიური მონაწილეა. სხვა პროტესტანტული ეკლესიებისგან სებე-ს გამოარჩევს ის რეფორმებიც, რომელიც მთავარეპისკოპოს მალხაზ სონღულაშვილის სახელს უკავშირდება. მათი მიზანი აღმოსავლურ ქრისტიანულ ტრადიციასთან უფრო მეტად დაახლოვებაა.
სებე და საქართველოს მართლმადიდებელი ეკლესიას შორის ურთიერთობა ჯერ კიდევ სმე-ს პატრიარქ ეფრემ მეორესა და ბაპტისტური ეკლესიის იმდროინდელი ხელმძღვანელის, თეოდორე ქოჩორაძეს შორის არსებობდა. ამ უკანასკნელს სურდა საკუთარ თემში რეფორმების გატარება საეკლესიო პრაქტიკის მიმართულებით, კერძოდ მართლმადიდებლური ლიტურგიის თავისებურებათა გათვალისწინება ბაპტისტურ ღვთისმსახურებაში.
ამ მცდელობას დიდი წინააღმდეგობა გაუწია მოსკოვმა, რადგან მას, ბუნებრივია, მიუღებლად მიაჩნდა განსხვავებული რწმენის ქართველების დაახლოვება და გაერთიანება. რუსეთმა თავის მიზანს მიაღწია, რეფორმატორ თ. ქოჩორაძეს არ მისცეს ამ კეთილი განზრახვის განხორციელების საშუალება. მაგრამ ამ დაბრკოლებას არ შეუშინდა სებე-ს მომდევნო ხელმძღვანელი - გიორგი ბოლღაშვილი. სწორედ მისი ინიციატივით შედგა თეოლოგიური კომისია, რომელშიც ხუთი მართლმადიდებელი და ხუთი ბაპტისტი წევრი შეუდგა მუშაობას. როგორც მათ მიერ მიღებული დოკუმენტებიდან ჩანს, არც ერთი მხარე არ იყო მზად წმინდად თეოლოგიური დიალოგისთვის, მაგრამ ფრიად დასაფასებელია მათი გულწრფელი სურვილი ერთმანეთთან დაახლოვებისა როგორც დოქტრინის, ისე ღვთისმსახურების დონეზე.
სწორედ ამ დროიდან სიონის საკათედრო ტაძარში მართლმადიდებელი ეკლესიის პირველი იერარქის კურთხევით ქართველი ბაპტისტი პასტორები ქადაგებდნენ. სამშაბათობით სიონში ბაპტისტური გუნდი გალობდა. პატრიარქმა ილია მეორემ ბიბლიის თარგმნის კომისიაში მიიწვია სებე-ს ამჟამინდელი მთავარეპისკოპოსი მალხაზ სონღულაშვილი. ამ კომისიის ნათარგმნი ბიბლია ახალ ქართულ ენაზე საპატრიარქომ 1989 წელს გამოსცა. სამწუხაროდ, ამგვარი ინტერკონფესიური თანამშრომლობა დღეს საქართველოს მართლმადიდებლურ ეკლესიასთან სრულიად წარმოუდგენელია.
სებე საკუთარ მასშტაბებთან შედარებით საკმაოდ აქტიურ სოციალურ საქმიანობას ეწევა. 2005 წელს დიდ დიღომში გაიხსნა მოხუცთა თავშესაფარი „ბეთელი" (სიტყვა ბიბლიაშია ნახსენები და ნიშნავს „ღვთის სახლს", ებრ. „ბეთჰულ"). დღესდღეობით აქ 45 მოხუცი ცხოვრობს, რომელთაგან 20 დევნილია როგორც აფხაზეთის (1993), ისე სამხრეთ ოსეთის (2008) ომიდან. თუმცა ,უნდა აღინიშნოს, რომ „ბეთელი" არ არის მხოლოდ მოხუცთა თავშესაფარი. ბეთელი სებე-ს სხვადასხვა საგანმანათლებლო მიმართულების ცენტრია. აქაა განთავსებული ლუკა მახარებლის სახელობის იკონოგრაფიის სკოლა და სახელოსნო. აქვე აქვთ რეპეტიციები ლიტურგიული ცეკვის გუნდს. ყველაზე მნიშვნელოვანი საგანმანათლებლო კერა კი ელია წინასწარმეტყველის სახელობის თეოლოგიური სემინარიაა, სადაც სტუდენტები სამი წლის განმავლობაში სწავლობენ. აღნიშნული სასწავლებელი ინტერკონფესიური ხასიათისაა და იქ სწავლა ყველა ქრისტიანული ეკლესიის წევრს შეუძლია. სემინარია არ ამზადებს მხოლოდ მომავალ სასულიერო პირებს. მას ზოგადსაგანმანათლებლო ფუნქციაც აკისრია. სებე-ს ხელმძღვანელის - მთავარეპისკოპოს მალხაზ სონღულაშვილის დასავლურ (ევროპა, აშშ) ქრისტიანულ წრეებთან მჭიდრო კონტაქტების გამო ამ ეკლესიის სემინარიას ხშირად სტუმრობენ დასავლეთში ცნობილი პროფესორები არა მხოლოდ თეოლოგიის მიმართულებით.
საქართველოს მასშტაბით ევანგელურ-ბაპტისტური ეკლესიის ერთ-ერთი ყველაზე წარმატებული პროექტია „წმ. ნინოს ორდენი", რომელიც დიაკონისელი დების მსახურებას მოიცავს („დიაკონია" მსახურებას ნიშნავს და აქედან არის ნასესხები ამ მსახურების სახელწოდებაც. დიაკონისელი დები სოციალურ მსახურებაზე არიან ხელდასხმულნი, მაგრამ ეს არ არის სასულიერო წოდება). სამსახური მოიცავს 32 ე. წ. სადგურს მთელი საქართველოს მასშტაბით: ახმეტაში, თელავში, ქუთაისში, ოზურგეთში, ზუგდიდში, ბათუმში და სხვა ქალაქებსა და რაიონებში. ამ ცენტრებში მუშაობს ერთი „დიაკონისელი და" და სამი მოხალისე. თითოეული ასეთი ჯგუფი მათთვის მინდობილი ტერიტორიული ერთეულის ფარგლებში ყოველდღიურ რეჟიმში უანგაროდ ემსახურება შეჭირვებულ ოჯახებს. მომსახურება, ძირითადად, გულისხმობს უმწეო მოხუცებისა და სხვადასხვა სახის ავადმყოფების შედარებით მარტივი სამედიცინო პროცედურებით უზრუნველყოფას (რისი გაკეთებაც სახლის პირობებშია შესაძლებელი). დიაკონისელი დები საქართველოს მასშტაბით სულ 400-მდე ასეთ ადამიანს ემსახურებიან.
სებე-ს ასევე აქვს ზამთრის დახმარების პროგრამა, რომლის ფარგლებში ხუთი თვის მანძილზე შეშით ამარაგებენ რეგიონების მოსახლეობას. ზამთრის პროგრამის ბენეფიციარები მთელს საქართველოში არიან.
2008 წლის აგვისტოს ომის შემდეგ სებე-მ დევნილებისთვის ქალაქ გორში უფასო სასადილო გახსნა, რომელიც დღესაც ფუნქციონირებს. ხსენებული ომის დროს სებე-ს წევრები აქტიურად ეხმარებოდნენ პროდუქტებით, ჰიგიენური საშუალებებით, თეთრეულით, ტანსაცმლით, მედიკამენტებით თბილისში წერეთლის გამზირზე ერთ-ერთ სკოლაში და გორის მე-12 ბაგა-ბაღში შესახლებულ დევნილებს.
აღსანიშნავია, რომ ომის შემდგომ პერიოდში ლტოლვილთა და განსახლების სამინისტრო ფეხმძიმე ქალებს სწორედ „ბეთელში" აგზავნიდა (საერთო ჯამში, ექვსმა ქალმა იმშობიარა ამ თავშესაფარში). მიუხედავად სებე-ს ასეთი მნიშვნელოვანი წვლილისა საქართველოს მოქალაქეებისთვის ასეთ მძიმე პერიოდში, ქართულ მედიას საერთოდ არ გაუშუქებია ამ ეკლესიის ღვაწლი, რაც ჟურნალისტების მაღალ სამოქალაქო შეგნებაზე არ მიუთითებს.
სებე-ს ორგანიზებით 2011 წელს განხორციელდა პროგრამა სახელწოდებით „პროფესიული წვრთნა დევნილებს". პროგრამა მოიცავდა სასწავლო პროგრამებს შემდეგი ოთხი მიმართულებით: 1) ინგლისური ენა; 2) კომპიუტერული პროგრამები; 3) კულინარია და 4) სამეწარმეო საქმიანობის საფუძვლები. კურსები განკუთვნილი იყო მხოლოდ დევნილებისთვის. პროგრამა დაფინანსდა „ვიშე გრადის" ფონდის მიერ, რომელიც შექმნილია უნგრეთის, პოლონეთის, ჩეხეთისა და სლოვაკეთის მთავრობების ერთობლივი ძალისხმევით. ხსენებული კურსები გაიარა სამოცმა ადამიანმა. მათგან თორმეტმა წარმატებულმა კურსდამთავრებულმა მიიღო მცირე დაფინანსება საკუთარი მცირე სამეწარმეო საქმიანობის დასაწყებად.
სებე-ს თბილისში გახსნილი აქვს აგრეთვე „დღის ცენტრი" სოციალურად დაუცველი ბავშვებისთვის, სადაც სკოლის შემდეგ 15-მდე ბავშვი სადილობს და მეცადინეობს სხვადასხვა საგნის მასწავლებელთან, ღამით კი საკუთარ ოჯახებში ბრუნდებიან. პარალელურად ფუნქციონირებს ასევე მეორე ცენტრიც, სადაც 30-მდე ე.წ. ქუჩის ბავშვებს მასპინძლობენ. აღნიშნული თავშესაფრები ფუნქციონირებს შვეიცარიული ორგანიზაცია „კორვუსის" თანადგომით.
სებე ახალგაზრდებისთვისაც საგანმანათლებლო და გამაჯანსაღებელ პროგრამებს ახორციელებს, რომელთაგან აღსანიშნავია ლაგოდეხში, ცემში და საქართველოს სხვა კუთხეებში მოწყობილი საზაფხულო ბანაკები, რომელიც 10-დან 16 წლამდე ბავშვებისთვისაა განკუთვნილი. ყოველ წელს ეწყობა ორი ერთკვირიანი საზაფხულო ბანაკი: 1) ბანაკი დევნილი ბავშვებისთვის; 2) ე.წ. ინტერკონფესიურ ბანაკები, რომელშიც ნებისმიერი აღმსარებლობის ბავშვებს შეუძლიათ დასვენება.
